1999年１月
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ニチモウバイオティックス㈱を設立。（ニチモウ100％出資、連結子会社）
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1999年８月
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本社を現在地（東京都品川区東品川）に移転。
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2002年４月
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森製綱㈱が函館ニチモウ㈱と合併し北海道ニチモウ㈱（ニチモウ51.22％、西日本ニチモウ㈱48.78％の出資、連結子会社）に商号変更した。
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2002年９月
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㈱ニチモウワンマンを設立。（ニチモウ100％出資、連結子会社）
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2002年11月
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㈱ニチモウプロダクツが日本特殊製綱㈱と合併し西日本ニチモウ㈱に商号変更した。（ニチモウ98.24％出資、連結子会社）
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2004年９月
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㈱ニチモウマリカルチャーを設立。（ニチモウ100％出資、連結子会社）
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2004年12月
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キグナス石油㈱（ニチモウ50％、東燃ゼネラル石油㈱50％の出資）を三愛石油㈱へ全株式売却。
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2005年３月
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㈱ソーエーを設立。（ニチモウ100％出資、連結子会社）
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2007年11月
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バイオティックス事業部の健康食品事業をニチモウバイオティックス㈱（連結子会社）に営業譲渡。
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2008年12月
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㈱ヤマイチ水産の全株式を取得。（連結子会社）
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2010年９月
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西日本キャリテック㈱の全株式を取得。（2011年３月末よりニチモウ90％出資 連結子会社）
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（2013年４月１日付けでニチモウロジスティクス㈱に商号変更した。）
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2013年２月
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サンアラワS.A.が新たに発行した株式の全てを追加取得。（ニチモウ80％出資、連結子会社）
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2017年８月
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マルキユー食品㈱の全株式を取得。（連結子会社）
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2019年２月
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サンアラワS.A.の株式の全てを追加取得。（ニチモウ100％）
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2019年３月
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サンアラワS.A.の株式の全てを売却。
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2020年10月
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非連結子会社の株式会社福産が株式会社ちかえフーズに商号を変更し、その重要性が増したため連結子会社となる。（ニチモウ80％出資、連結子会社）
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2021年10月
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フィッシュファームみらい(同)を設立。（ニチモウ39％出資、持分法適用会社）
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2022年４月
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東京都証券取引所の市場区分の見直しにより市場第一部からプライム市場へ移行。
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2023年４月
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非連結子会社の㈲北海道マリンサービスがオホーツクニチモウ㈱に商号を変更し、その重要性が増したため連結子会社となる。（ニチモウ100％出資、連結子会社）
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